O sistema tributário brasileiro é paradoxal.  Ao mesmo tempo em que elevou de forma contínua a carga tributária a níveis superiores à média das economias avançadas, acumulou distorções que tornam a má qualidade dos tributos um desafio maior que a quantidade arrecadada.  A análise consta do trabalho Avaliação da Estrutura e do Desempenho do Sistema Tributário Brasileiro, de autoria do economista José Roberto Rodrigues Afonso que, com outros dois colegas, fez um diagnóstico da estrutura e do desempenho do sistema tributário. Apesar de serem analisados dados de 2010, o estudo vale para os dias atuais.

Para os economistas, entende-se como má qualidade do sistema tributário a alta carga tributária, o custo para gerir os impostos, a cumulatividade dos tributos e a oneração indireta das exportações e investimentos produtivos. A discussão sobre a sua reformulação é antiga e está longe de um consenso. Para Afonso, nem uma reforma tributária resolve o problema. "Prefiro um sistema novo, pois o atual nem dá mais pra reformar. E no momento, quem pauta a matéria é o governo federal, que prefere mudanças pontuais. Mas nem elas saem do papel", analisa o economista.

O trabalho destaca que a Constituição de 1988 criou, na prática, dois sistemas tributários paralelos: um composto por impostos cuja receita é repartida com Estados e municípios e outro formado por contribuições sociais cuja receita é exclusiva da União. É o caso, por exemplo, da Contribuição Social sobre o Lucro Líquido (CSLL). De lá para cá, as contribuições se diversificaram, como a criação da Contribuição Provisória sobre a Movimentação Financeira (CPMF), e o aumento de sua arrecadação superou ao de impostos. 

Não sem razão, a arrecadação está concentrada no governo central. Segundo o estudo, em 2010, a União respondeu por mais de 67% do recolhimento de impostos. Estados e municípios ficaram com 33%. Pelos cálculos dos economistas, a arrecadação central concentrou mais de 23% do Produto Interno Bruto (PIB), o que representou R$ 869,4 bilhões. Os Estados, contudo, mesmo responsáveis pela gestão do maior tributo do País em termos de tamanho de alíquota, o Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS), arrecadaram bem menos que a União: R$ 341 bilhões, o que corresponde a pouco mais de 9% do PIB. Já o total de tributos que entraram nos cofres dos municípios totalizaram R$ 78 bilhões, ou 2,07% do PIB.

Uma das críticas mais contundentes do sistema tributário é que o grosso da arrecadação vem dos tributos incidentes sobre mercadorias, serviços e bens. São os chamados impostos invisíveis porque são repassados para os preços. Em 2010, eles representaram 15,4% do Produto Interno Bruto do mesmo ano.

O levantamento aponta que a quase totalidade da arrecadação tributária incidente sobre mercadorias, serviços e bens é de competência da União e dos Estados. Com uma parcela de apenas 6% do total arrecadado nessa base de incidência (em função do Imposto sobre Serviços - ISS), os municípios arrecadaram  R$ 37,6 bilhões (1% do PIB) em 2010. Os Estados lideraram, com a participação de 48%, o que significou R$ 275,9 bilhões, ou 7,32% do PIB. Já a União arrecadou R$ 266,3 bilhões (7,06% do PIB), o que equivale a 46% do total arrecadado com a Cofins, Pis e IPI.